После распада СССР в 1991 году бывшие советские республики начали проводить независимые футбольные чемпионаты. В советской Высшей лиге в 1991 году было немало российских клубов, но всё же недостаточно, чтобы составить лигу. Поэтому в 1992 году в российской Высшей лиге соревновались 20 российских клубов из высшей и первой лиг чемпионата СССР. Для уменьшения общего числа матчей команды были разделены на две группы. Количество команд в Высшей лиге было постепенно сокращено: 18 в 1993 году и 16 в 1994 году. С тех пор Высший дивизион (и Премьер-Лига) состоит из 16 клубов, за исключением эксперимента в 1996 и 1997 годах, когда команд было на две больше.

Доминирующей силой в Высшем дивизионе был «Спартак» (Москва), выигравший 9 чемпионатов за 10 лет. Единственный, кроме «Спартака», клуб, ставший за это время чемпионом — «Спартак-Алания» (Владикавказ) (в 1995 году). Среди матчей, олицетворяющих противостояние этих клубов, — игра за чемпионский титул («золотой матч») 1996 года, выигранная московским «Спартаком».

В общей сложности в чемпионатах России в разные годы выступали 37 команд, представлявших 24 субъекта Российской Федерации (Москва (7 команд), Санкт-Петербург, Московская область (2), Самарская область (2), Волгоградская область (2), Ростовская область, Ярославская область, Нижегородская область, Свердловская область, Калининградская область, Воронежская область, Томская область, Тюменская область, Саратовская область, Краснодарский край (3), Ставропольский край, Приморский край (2), Пермский край, Северная Осетия, Татарстан (2), Калмыкия, Дагестан, Кабардино-Балкария, Чечня).

* «Спартак-Алания» (Владикавказ) — единственный чемпион, покинувший Высший дивизион.
* Только три раза команды не из Москвы выигрывали чемпионат России — «Спартак-Алания» в 1995, «Зенит» (Санкт-Петербург) в 2007 и «Рубин» (Казань) в 2008. Немосковские команды 5 раз становились вторыми и 4 раза — третьими призёрами чемпионата. Две немосковские команды одновременно становились призёрами два раза — в 1996 и 2003 годах.
* Два раза (в 1996 и 2002) для определения чемпиона пришлось проводить дополнительный матч между командами, имевшими одинаковое количество очков (1996: «Спартак» (Москва) — «Алания» 2:1; 2002: ЦСКА — «Локомотив» 0:1). Оба раза в этих матчах участвовали команды под руководством Валерия Газзаева и оба раза проиграли.
* Бразилец Даниэл Карвальо (ЦСКА) первым из зарубежных легионеров был признан лучшим игроком года в Премьер-Лиге по результатам опроса журналистов, проведённого еженедельником «Футбол».
* Голландец Дик Адвокат, главный тренер команды «Зенит» (Санкт-Петербург), первым из зарубежных главных тренеров выиграл чемпионат России в 2007. Уже в следующем сезоне туркмен Курбан Бердыев повторил это достижение с «Рубином».
* Всего 5 клубов приняли участие во всех чемпионатах России: «Динамо» Москва, «Крылья Советов» Самара, «Локомотив» Москва, «Спартак» Москва и ЦСКА Москва. При этом Крылья Советов провели на 4 игры больше из-за того, что в сезоне 1992 года турнир проходил в два этапа и «Крылья» во втором этапе чемпионата играли в группе за 9-20 места, где команд было больше, чем в турнире за 1-8 места.